Encontramos en esta zona dos estrechos cañones de paredes verticales calizas que superan los 100 m de altura, consecuencia de la acción combinada durante miles de años, de la actividad kárstica y fluvial sobre el páramo calcáreo, se trata del Cañón del Río Mesa y del Barranco de la Hoz Seca
El municipio cuenta con 3064,37 has parte de la Red Natura 2000 en Aragón, siendo una zona protegida, bajo las figuras ZEPA (zona especial proteccion de aves) y LIC (lugar de interés comunitario), para garantizar una adecuada conservación de la biodiversidad de la zona
Cualquiera de los paseos y rutas senderistas con los que cuenta la zona acercarán al visitante a la contemplación de estos tesoros naturales.
La buena conservación de este sector del río y la presencia de importantes paredones calcáreos favorece la presencia de numerosas especies ligadas a estos ambientes.
En el fondo del valle aparecen depósitos aluviales poco desarrollados en este sector, aprovechados para el asentamiento de franjas laterales con bosques galería en los que predominan álamos blancos (Populus alba), chopos (Populus nigra) y sauces (Salix alba).
En las sierras laterales predomina un mosaico de matorrales en diferentes grados de madurez y cubrimiento, destacando las formaciones de sabinas (Juniperus phoenicea) y romero (Rosmarinus officinalis). El pastoreo ha sido una actividad destacada siendo importante en todo el sector y condicionando la progresión del matorral.
Las repoblaciones forestales de pino carrasco (Pinus halepensis) poco integradas en el medio pueblan amplios sectores de la parte noroccidental.
El río Mesa que nace en la provincia de Guadalajara, abre un cañón de unos 6 kilómetros, de paredes verticales que une Calmarza y Jaraba. La geología de la zona con abundantes materiales calcáreos condiciona en gran medida un paisaje en el que el agua superficial es prácticamente inexistente.
Junto al río discurre una variante del GR 24, sendero que atraviesa el cañón y que se ha recuperado en algunas partes, sobre el antiguo camino que antaño unía los municipios de Jaraba y Calmarza.
Podemos disfrutar el entorno natural,
Jaraba se encuentra en una zona de gran complejidad geológica, en la que predominan los acuíferos constituidos por formaciones carbonatadas mesozoicas que albergan circulaciones subterráneas muy variadas, desde someras y frías, con agua poco mineralizada hasta profundas y de elevado tiempo de permanencia en el subsuelo, que dan lugar a la descarga de agua termal y mineralización fuerte.
Las aguas termales de Jaraba emergen a través de más de 80 fuentes y actualmente existe un perímetro de protección conjunto para todos los aprovechamientos de las aguas del municipio.
Desde el punto de vista ornitológico, se trata de una zona de gran interés ya que alberga una importante colonia de Buitre Leonado (Gyps fulvus) que tiene continuidad con el tramo superior del río, ya en Guadalajara.
También hay presencia de Águila Real (Aquila chrysaetos), Alimoche (Neophron percnopterus), Halcón Peregrino (Falco peregrinus) y Buho Real (Bubo bubo). Recientemente extinguida Águila perdicera (Hieraaetus fasciatus), existiendo territorios activos próximos que favorecerían su recolonización.
Igualmente son de interés las poblaciones de Collalba negra (Oenanthe leucura), Chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax), y abundantes Curruca rabilarga (Sylvia undata) y Cogujada montesina (Galerida theklae).
La presencia de estas poblaciones de Buitre leonado, Alimoche, Buho real y Águila real es la que ha permitido la inclusión de la zona de las Hoces del Río Mesa en la Red Natura 2000, que tiene por objeto objetivo garantizar una adecuada conservación de la biodiversidad europea.
Las aguas puras y limpias del río Mesa tienen una abundante fauna piscícola con tramos libres de pesca. Las características del agua debidas a los aportes realizados por los manantiales hacen que resulten además el hábitat ideal para el desarrollo de un molusco denominado Melanopsis praemorsa, especialmente protegido.
Junto al río Mesa, en su margen derecha se encuentra el barranco de la Hoz-seca, de aproximadamente 10 km de longitud, formado por altos murallones de roca de gran belleza y riqueza paisajística.
Se ha creado un sendero interpretativo de unos tres kilómetros de recorrido por el barranco, en el que podemos comtemplar el Santuario de Ntra Señora de Jaraba, podemos observar varias parideras construidas antiguamente en los abrigos de las rocas para el uso ganadero así como antiguas caleras.
También encontramos en este recorrido las pinturas rupestres de Roca Benedí de Jaraba.
Esta zona forma parte del sendero GR-24, que une los municipios de Jaraba y Calmarza.