Encontramos en esta zona dos estrechos cañones de paredes verticales calizas que superan los 100 m de altura, consecuencia de la acción combinada durante miles de años, de la actividad kárstica y fluvial sobre el páramo calcáreo, se trata del Cañón del Río Mesa y del Barranco de la Hoz Seca
El municipio cuenta con 3064,37 has parte de la Red Natura 2000 en Aragón, siendo una zona protegida, bajo las figuras ZEPA (zona especial proteccion de aves) y LIC (lugar de interés comunitario), para garantizar una adecuada conservación de la biodiversidad de la zona
Cualquiera de los paseos y rutas senderistas con los que cuenta la zona acercarán al visitante a la contemplación de estos tesoros naturales.
La buena conservación de este sector del río y la presencia de importantes paredones calcáreos favorece la presencia de numerosas especies ligadas a estos ambientes.
En el fondo del valle aparecen depósitos aluviales poco desarrollados en este sector, aprovechados para el asentamiento de franjas laterales con bosques galería en los que predominan álamos blancos (Populus alba), chopos (Populus nigra) y sauces (Salix alba).
En las sierras laterales predomina un mosaico de matorrales en diferentes grados de madurez y cubrimiento, destacando las formaciones de sabinas (Juniperus phoenicea) y romero (Rosmarinus officinalis). El pastoreo ha sido una actividad destacada siendo importante en todo el sector y condicionando la progresión del matorral.
Las repoblaciones forestales de pino carrasco (Pinus halepensis) poco integradas en el medio pueblan amplios sectores de la parte noroccidental.
El río Mesa que nace en la provincia de Guadalajara, abre un cañón de unos 6 kilómetros, de paredes verticales que une Calmarza y Jaraba. La geología de la zona con abundantes materiales calcáreos condiciona en gran medida un paisaje en el que el agua superficial es prácticamente inexistente.
Junto al río discurre una variante del GR 24, sendero que atraviesa el cañón y que se ha recuperado en algunas partes, sobre el antiguo camino que antaño unía los municipios de Jaraba y Calmarza.
Podemos disfrutar el entorno natural,
Jaraba se encuentra en una zona de gran complejidad geológica, en la que predominan los acuíferos constituidos por formaciones carbonatadas mesozoicas que albergan circulaciones subterráneas muy variadas, desde someras y frías, con agua poco mineralizada hasta profundas y de elevado tiempo de permanencia en el subsuelo, que dan lugar a la descarga de agua termal y mineralización fuerte.
Las aguas termales de Jaraba emergen a través de más de 80 fuentes y actualmente existe un perímetro de protección conjunto para todos los aprovechamientos de las aguas del municipio.
Desde el punto de vista ornitológico, se trata de una zona de gran interés ya que alberga una importante colonia de Buitre Leonado (Gyps fulvus) que tiene continuidad con el tramo superior del río, ya en Guadalajara.
También hay presencia de Águila Real (Aquila chrysaetos), Alimoche (Neophron percnopterus), Halcón Peregrino (Falco peregrinus) y Buho Real (Bubo bubo). Recientemente extinguida Águila perdicera (Hieraaetus fasciatus), existiendo territorios activos próximos que favorecerían su recolonización.
Igualmente son de interés las poblaciones de Collalba negra (Oenanthe leucura), Chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax), y abundantes Curruca rabilarga (Sylvia undata) y Cogujada montesina (Galerida theklae).
La presencia de estas poblaciones de Buitre leonado, Alimoche, Buho real y Águila real es la que ha permitido la inclusión de la zona de las Hoces del Río Mesa en la Red Natura 2000, que tiene por objeto objetivo garantizar una adecuada conservación de la biodiversidad europea.
Las aguas puras y limpias del río Mesa tienen una abundante fauna piscícola con tramos libres de pesca. Las características del agua debidas a los aportes realizados por los manantiales hacen que resulten además el hábitat ideal para el desarrollo de un molusco denominado Melanopsis praemorsa, especialmente protegido.
Junto al río Mesa, en su margen derecha se encuentra el barranco de la Hoz-seca, de aproximadamente 10 km de longitud, formado por altos murallones de roca de gran belleza y riqueza paisajística.
Se ha creado un sendero interpretativo de unos tres kilómetros de recorrido por el barranco, en el que podemos comtemplar el Santuario de Ntra Señora de Jaraba, podemos observar varias parideras construidas antiguamente en los abrigos de las rocas para el uso ganadero así como antiguas caleras.
También encontramos en este recorrido las pinturas rupestres de Roca Benedí de Jaraba.
Esta zona forma parte del sendero GR-24, que une los municipios de Jaraba y Calmarza.
Las propiedades benéficas de las aguas de Jaraba eran ya conocidas desde tiempos de los romanos que llamaron a los manantiales calientes de las cercanías del río Mesa «Aguas de las Ninfas».
En la edad media, en el lugar en el que hoy se encuentra el balneario de la Virgen, se abrió una piscina donde los peregrinos que acudían al Santuario de la Virgen sanaban ciertas enfermedades.
En 1963 existían en la zona tres establecimientos termales y las «aguas de Jaraba» aparecen en la «Reseña de todos los manantiales que existen en España, declarados de utilidad pública, al 15 de abril de 1873
En la actualidad existen en el municipio cinco aprovechamientos de las aguas minero-medicinales que dan lugar a tres establecimientos balnearios y dos plantas embotelladoras.
Las aguas de Jaraba son aguas hipotermales (entre 20 y 30ºC) y de mineralización media, con predominio de bicarbonatos, sulfatos, calcio y magnesio. Su administración por vía oral o tópica resulta beneficiosa para las afecciones de las vías urinarias, reuma y vías respiratorias
Las aguas de los manantiales del entorno de Jaraba surgen en diferentes estratos geográficos pertenecientes al Cretácico Superior. Se trata de una serie de surgencias termales que constituyen, junto a los manantiales de Alhama de Aragón, una de las manifestaciones hidrológicas más significativas del sector central de la Cordillera Ibérica.
Hasta veinte puntos de captación se encuentran en las márgenes del río Mesa a lo largo de una zona de dos kilómetros y medio en las inmediaciones del núcleo urbano de Jaraba.
Los manantiales utilizados en los tres balnearios son los de Las Pilas y san José; en el Balneario de la Virgen, el de San Vicente en el balneario de Sicilia y los de La Peña y San Luis en el balneario de Serón.
Los flujos termales y la temperatura de los mismos se mantiene estable a lo largo de todo el año: la temperatura de surgencia oscila entre los 18 y los 31ºC y el caudal de agua termal se estima entre 572 y 647 litros por segundo según cálculos de la Confederación Hidrográfica del Ebro. El tiempo que tardan las aguas de Jaraba en surgir sea probablemente superior a los 50 años.
Los manantiales termales de Jaraba eran ya conocidos en la época de los romanos que llamaron a las aguas calientes de el Xaral «aguas de las ninfas».
Durante la reconquista en el siglo XII se construyó una piscina en lo que hoy es el balneario La Virgen donde los cristianos acudían a sanar sus heridas después de que la reaparición de la Virgen de Jaraba en un lugar cercano añadiera propiedades milagrosas a las propiedades curativas de las aguas.
A mediados del siglo XIX se crearon los actuales establecimientos balnearios: Balneario La Virgen, Balneario Serón y Balneario Sicilia, que aprovechaban las propiedades minero-medicinales de los manantiales.
En la actualidad estos tres establecimeintos ofrecen modernas instalaciones perfectamente equipadas para una estancia de salud y reposo en el privilegiado entorno natural de Jaraba.
Las aguas de los manantiales de Jaraba se vienen utilizando medicinalmente desde la antigüedad. Fueron declaradas de utilidad pública en 1860.
Se trata de aguas de mineralización media, con predominio de bicarbonatos, sulfatos, calcio y magnesio. Por vía oral, las aguas de Jaraba , por su bajo contenido en sodio, son recomendables en dietas hiposódicas y en las afecciones de las vías urinarias.
Las aguas de Jaraba constituyen una excelente agua de mesa de alta calidad.
En la actualidad dos son las plantas embotelladoras que aprovechan los manantiales de Jaraba para el envasado y comercialización de aguas minero – medicinales: Fontecabras y Lunares. Fontecabras recoge el agua del manantial «Fontecabras» y la embotelladora Lunares se nutre de los manantiales «Lunares» y «Sondeo Lunares».